Didirikannya Pondok Pesantren Hidayatullah berangkat dari adanya kesadaran ideologis yang melihat bahwa kondisi masyarakat Indonesia masih dalam keadaan lemah, baik itu dalam bidang politik, ekonomi, sosial, dan lainnya.
Adanya Pondok Pesantren Hidayatullah Yogyakarta adalah menjadi lembaga pendidikan Islam yang dipercaya, mandiri, dan berpengaruh, dalam membangun peradaban global dengan menyelenggarakan pendidikan berkualitas untuk mencetak kader ulama cendekiawan dan pemimpin berdedikasi serta membangun kemitraan nasional dan internasional untuk mendukung peradaban Islami.